企业号队员又一次归队，进行另一次秘密行动“克林贡”帝国将老化，经济及生态环境破坏殆尽，为求使它安稳，克林贡领袖向地球的联合会寻求和平会议。为安全起见，企业号队员被派作护航。途中，数名“克林贡”人被暗杀，企业号船长寇克（威廉·夏特纳 饰）与麦哥成为头号疑凶。各队员得赶快缉拿真凶，免得船长无辜惨死。各国对此事均十分紧张，并作出最高戒备状态，战争的警号又再于银河系响起，并有随时爆发危机的可能......